Phycocyanine is een karakteristieke lichtblauwe kleur, die oranje en rood licht absorbeert, in het bijzonder nabij 620 nm (afhankelijk van welk specifiek type het is), en straalt fluorescentie uit bij ongeveer 650 nm (ook afhankelijk van welk type het is). Allofycocyanine absorbeert en zendt uit bij langere golflengten dan fycocyanine C of fycocyanine R.