Zowel Consensus als Pan PCR volgen dezelfde routineprocedure. Het belangrijkste verschil tussen consensus PCR en Pan PCR is echter gebaseerd op de primer-doelen die elke procedure gebruikt. Terwijl consensus-PCR altijd gericht is op geconserveerde regio's, richt een Pan-PCR zich op variabele regio's om verschillende stammen van een groep te identificeren.